Em 7 de Agosto de 1565, o cardeal D. Henrique mandou aqui edificar um lazareto, para quarentena das tripulações vindas de locais atingidos pela peste.

O acontecimento mais marcante na sua história valeu ao Marquês de Pombal ser apelidado de «Nero da Trafaria» por Camilo Castelo Branco, em «Perfil do Marquês de Pombal»: a 24 de Janeiro de 1777, altura em que viviam na região cerca de cinco mil pessoas, o Marquês de Pombal ordenou a Pina Manique que levasse 300 soldados em faluas do Tejo e incendiasse a Trafaria, por esta albergar centenas de rapazes que fugiam da vida militar. Os que não morreram no incêndio foram obrigados a ingressar nas fileiras militares.

A povoação de Trafaria foi, entretanto, reconstruida. 

Em 1873, estabeleceu-se na região uma fábrica de dinamite de um  engenheiro francês, referido como Combemale. No decorrer do século XIX observou-se um maior desenvolvimento da localidade, com presença de algumas novas indústrias: duas fábricas de conservas de peixe e uma de produção de guano de peixe. 

Nos finais do século XIX, a Trafaria começa a ser frequentada pela burguesia vinda da capital, durante o Verão. Desenvolveu-se um plano urbano e começaram a ser construidos prédios para alojar os veraneantes. Surge mesmo um casino. Em 1901, a rainha D. Amélia inaugurou na região a primeira colónia balnear do País.

De parte do território da Trafaria foi constituída, em 1949 (Decreto-Lei N.º 37301, de 12 de Fevereiro), a freguesia da Costa da Caparica.

Em 1985, a Trafaria foi elevada a vila pela lei 79/85, de 26 de Setembro.

 

Origem do nome

Frei João de Sousa afirma, em «Vestígios da Língua Arábica em Portugal», que a palavra provém do vocábulo árabe «Tarifa», que significa «cousa extrema, final ou última». 

A. Baldaque da Silva defende que o nome tem origem num dizer dos pescadores de Setúbal, que costumavam ir pescar com tarrafa para a região e que carregavam o «r»: «Vamos à Tarrafa à ria». 

David M. Lopes alega que o termo deriva da junção do elemento árabe «Traf» (ponto ou cabo) com o vocábulo latino «Arena» (areia), e da transformação fonética de «Trafarena».

 

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